Como todas las historias nacionales, la historia de Puerto Rico, tal como se cuenta en la exposición permanente «Conquista y Colonización», tiene puntos brillantes y oscuros. Es una historia de pobreza, sufrimiento y perseverancia a pesar de todo, pero también de valentía y creatividad.

La exhibición Conquista y Colonización: nacimiento y evolución de la nación puertorriqueña consta de seis salas de exposición en las que se presentan diversos temas los cuales abarcan la llegada a la Isla de los españoles y el encuentro con la sociedad taína, los viajes de Colón, el desarrollo de la economía, la evangelización, la arquitectura, los ataques de los holandeses, franceses e ingleses a la Isla y la aportación de las culturas taína, africana y española a la sociedad puertorriqueña.